Podczas terapii magnetycznej mogą wystąpić różne skutki uboczne: senność i głęboka relaksacja podczas poszczególnych sesji są powszechne, więc można odczuwać zawroty głowy, a nawet zapaść po nagłym siadaniu lub wstawaniu. Nie należy się więc spieszyć po zabiegu. Mogą również wystąpić bóle głowy, nudności lub biegunka. O ile dolegliwości te nie są bardzo poważne, nie uzasadniają przerwania terapii magnetycznej, ponieważ zwykle szybko mijają. Pacjenci z bólami stawów lub pleców mogą doświadczyć tymczasowego pogorszenia ich stanu na początku serii terapeutycznej. Później ustępuje, a bóle znacznie się zmniejszają.