Podczas terapii magnetycznej mogą wystąpić różne skutki uboczne: senność i głębokie odprężenie podczas poszczególnych sesji są częste, tak że po nagłym siedzeniu lub wstaniu można odczuwać zawroty głowy, a nawet zapaść. Więc nie spiesz się po zabiegu. Mogą również wystąpić bóle głowy, nudności lub biegunka. O ile stany te nie są bardzo ciężkie, nie uzasadniają przerwania terapii magnetycznej, ponieważ zwykle szybko mijają. Pacjenci z bólami stawów lub pleców mogą doświadczyć przejściowego pogorszenia stanu na początku serii terapeutycznej. To później znika, a bóle znacznie ustępują.