În timpul tratamentului magnetic, se pot produce diverse efecte secundare: somnolența și relaxarea profundă în timpul ședințelor individuale sunt frecvente, astfel încât se pot produce amețeli sau chiar prăbușiri după ce se așează sau se ridică brusc în picioare. Așadar, nu vă grăbiți după procedură. De asemenea, se pot resimți dureri de cap, greață sau diaree. Cu excepția cazului în care aceste stări sunt foarte severe, ele nu justifică întreruperea terapiei magnetice, deoarece, de obicei, trec rapid. Pacienții cu dureri articulare sau de spate pot prezenta o înrăutățire temporară a stării lor la începutul seriei terapeutice. Aceasta dispare ulterior, iar durerile se diminuează considerabil.